جامعه‌المصطفی یکی از اصلی‌ترین دریافت‌کنندگان بودجه دولتی در بودجه ۱۴۰۰ در مقایسه با سال ۹۹ رشدی ۷۵ درصدی داشت. با این میزان افزایش بودجه، جامعه‌المصطفی به بودجه‌ای معادل بودجه سازمان آموزش و پرورش کشور دست یافته بود. نکته مهم آنجاست که جامعه‌المصطفی بر‌خلاف همه دانشگاه‌ها و مراکز علمی کشور، معافیت مالیاتی نیز دارد.
به گزارش تازه نیوز، در لایحه بودجه ۱۴۰۱، با اینکه بودجه برخی از سازمان‌ها و مؤسسات مذهبی اعلام نشده؛ اما بر‌اساس همین لایحه غیر‌شفاف، بودجه مرکز خدمات حوزه‌های علمیه نسبت به سال گذشته صد درصد افزایش داشته است. امری که انتقادات بسیاری به همراه داشته و حتی آیت‌الله محقق‌داماد عضو هیئت علمی دانشگاه شهید بهشتی با انتقاد از وابستگی مالی حوزه‌های علمیه به دولت گفته است: آیت‌الله بروجردی حوزه را در برابر حکومت با هر مشکلی اداره کرد؛ اما امروز یکی از مشکلات حوزه این است که وابسته به دولت و حکومت شده است.
به گزارش شرق، آیت‌الله محقق‌داماد، استاد حوزه و دانشگاه که در نشست بررسی کتاب «صدسالگی حوزه قم و مسائل جامعه ایران» که در خانه اندیشمندان علوم انسانی برگزار شد، سخن می‌گفت، افزوده است: «اولین كسی كه این اشتباه را كرد و برای حوزه بودجه تعیین کرد، آقای محمد خاتمی بود». این حقوق‌دان تأکید کرد: «حوزه باید از بودجه مردمی استفاده كند كه با طیب خاطر پول را بدهند، حوزه باید استقلال داشته باشد». او ادامه داد: «حاج شیخ عبدالکریم حائری به دلیل آنکه جایگاه روحانیت در جامعه را رو به تباهی دید، در قم ماند و تأکید داشت تا حوزه‌ای مبتنی بر عقلانیت، علم و اخلاق شکل دهد. او بر جدایی حوزه از سیاست تأکید داشت و توانست بار دیگر روحانیت را در قلب مردم جای دهد».